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Neuer Forschungsartikel in der Zeitschrift “BMC Bioinformatics” zur Veröffentlichung angenommen!

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04.12.2018

In Zusammenarbeit mit Lech Nieroda, Lukas Maas, Prof. Ulrich Lang, Viktor Achter und Prof. Martin Peifer von der Universität zu Köln konnten Scott Thiebes und Ali Sunyaev von der Forschungsgruppe Critical Information Infrastrucutres ihren Artikel mit dem Titel „iRODS metadata management for a cancer genome analysis workflow” erfolgreich in der Zeitschrift BMC Bioinformatics veröffentlichen.

Der Artikel beschäftigt sich mit der Entwicklung und Beschreibung eines Metadaten Workflows im Rahmen von Krebsgenom-Analysen.

Kurzusammenfassung:
The massive amounts of data from next generation sequencing (NGS) methods pose various challenges with respect to data security, storage and metadata management. While there is a broad range of data analysis pipelines, these challenges remain largely unaddressed to date. We describe the integration of the open-source metadata management system iRODS (Integrated Rule-Oriented Data System) with a cancer genome analysis pipeline in a high performance computing environment. The system allows for customized metadata attributes as well as fine-grained protection rules and is augmented by a user-friendly front-end for metadata input. This results in a robust, efficient end-to-end workflow under consideration of data security, central storage and unified metadata information. Integrating iRODS with an NGS data analysis pipeline is a suitable method for addressing the challenges of data security, storage and metadata management in NGS environments.

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